Les biomes sont des régions dans un monde Minecraft avec différentes caractéristiques géographiques, végétaux, hauteurs, climats, degrés d'humidité, couleurs de ciel, couleurs de feuillage.) Introduits dans la mise à jour d'Halloween, les biomes séparent les mondes en différents environnements, parallèlement au monde réel. Il existe de nombreux biomes notamment la forêt, la jungle, le désert, la toundra. Avant la mise à jour d'Halloween, chaque monde n'avait qu'un seul thème, soit herbeux ou enneigé.

Dans le format de fichier Anvil, les biomes sont stockés directement dans les données du monde. Cela diffère du format de fichier Région précédent, où les biomes étaient calculés dynamiquement à partir de la graine.

Depuis le snapshot 13w36a, les biomes ont une valeur de température qui détermine s'il peut neiger, pleuvoir ou s'il ne peut y avoir aucune précipitation dans chacun d'entre eux. Les valeurs requises sont : <0,5 pour qu'il puisse neiger, 0,15 - 1,5 pour qu'il puisse pleuvoir et >1,5 pour qu'il n'y ait rien. Ces valeurs peuvent être utilisées pour déterminer la hauteur à partir de laquelle de la neige peut se former dans les différents biomes. Par exemple, les collines extrêmes génèrent de la neige en y=95 puisque la valeur de base est de 0,2 et il n'y a aucune précipitation dans les savanes car il fait "chaud".